刚出生时被抱错的高中生海野凪终于要和亲生父母见面了。当天，凪偶然遇到名门女子学校的女高中生天野绘里香，为了帮助不想和未婚夫结婚的她，他答应了她的请求，半强行地扮演了她男朋友这一角色……然而，这两个人刚好是当时被抱错的孩子，两人之间已经定下了婚约。父母之间为了让彼此都能保有这两个孩子，为他们两人订下婚约，让他们开始同居生活。喜欢同班同学濑川弥的凪和反对父亲决定的绘里香，两人定下了“相互之间不干涉”这一规矩。未曾见过的，命运交错的恋爱喜剧，就此开幕！
イッシュリーグ終幕後、サトシ一行はカノコタウンに戻ってリーグ戦の結果をアララギ博士に報告。オーキド博士への連絡も済ませたサトシがカントー地方への帰還を考えていたところ、アララギ博士から「白の遺跡」の話を聞くことに。その遺跡はアララギ博士の父が発見した場所で、イッシュ地方に伝わる伝説のポケモン・レシラムと関係があるという。その白の遺跡に興味を引かれたサトシは、再びアイリス、デントと共に旅立つことに。 白の遺跡を目指して船に乗ったサトシ一行は、船内でポケモンの声が分かるという不思議な青年・Nと知り合う。一方、イッシュ地方では謎の組織・プラズマ団が活動を始めていた。
