中学で失恋100回を達成した愛城恋太郎は、中学で失恋100回を達成した愛城恋太郎は、高校でこそ彼女を！と願い訪れた神社で、現れた恋の神様から「高校で出会う運命の人は100人いる」と告げられる。しかし神様いわく、運命の人と出会った人間は、その相手と愛し合って幸せになれなければ死んでしまうという……。次々に待ち受ける運命の人との出会い──どうする恋太郎？どうなる100人の彼女！？
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
故事主要发生在虚构的大陆『布里塔利亚』上的国家『里昂妮丝王国』，王国的圣骑士们为了准备传说中的圣战而进行军备强化，然而圣骑士团的诸多暴行使得整个国家民不聊生，甚至发动政变囚禁了国王。担忧着国家现状的第三王女『伊丽莎白』，将救国的希望寄托于十年前因涉嫌颠覆王国而被通缉的骑士团『七大罪』从而独自踏上寻找的旅程。注定无果的旅程中，疲惫不堪的伊丽莎白误入某个酒店，被酒店的主人、一名金发少年救下，这名少年正是『七大罪』的团长梅利奥达斯。在将公主从追兵的危机中解救出来后，他们踏上了拯救国家未来的旅途
