自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
从去世的祖父身上继承了不可思议力量的律，某次梦见了童年的往事。在梦中，为了躲避妖魔的觊觎，年幼的律被迫打扮成女孩子的模样，却仍差点遭到一名少女幽灵的袭击。就在不久后的某一天，律亲眼目睹那名幽灵混在母亲茶道教室的学生群中，潜入了家中。正当律试图查明对方的真面目时，却在名为「遮眼鬼」的游戏中，被夺走了左眼！？
