自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
“内裤被看到的话，人类就会灭亡！？” 高中生伊里达游太以某起事件为契机而灵魂出窍了。在自己所居住的公寓古来馆醒来的游太，被突然现身的猫的幽灵千良之助告知“想要取回你的肉体的话，就去找到存在于古来馆某处的圣典吧野猫～”。游太因此而开始在馆内搜索，但在目击到居住在那里的女生的内裤大人的瞬间，地球就发生了不得了的灾难……！！游太使用特殊的灵力干涉着住民们的生活。他们偶尔会一边解开隐藏的谜团，一边直面人类灭亡的命运。究竟他们能否以最高的欢乐迎来和平的未来！？
