自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
Manchao Nagasumi是一名在埼玉县一所中学就读的普通中学生。 一个暑假，他在海边度假时突然溺水身亡，被美丽的人鱼小姐救了出来。不过，人鱼世界有一条规矩，如果人类看到真正的人鱼，必须选择其中一个 去死。 而避免这条铁律的最后一招，就是成为美人鱼家族的一员。 在死亡和逼婚之间，永成被迫做出与陈结婚的决定。 于是，一场围绕永成和陈以及形形色色的美人鱼人的爱情喜剧开始了……
