自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
升入私立咲钟湖学园高中的阿佐谷未乃爱，只是个动画的入门菜鸟，但她却被同年级的上井草有栖强行邀请成立了动画研究部。通过与同年级的高圆寺美子以及喜爱动画的前辈们相遇，未乃爱逐渐沉浸在动画的世界中。动研部员一边要面对学生会固执的废部劝告，一边对于渐渐逼近的世界灭亡一无所知，今天也在活动室、在秋叶原、在圣地、在温泉，聊着动画的事情。
众望所归的第二季！有个宅男老公也许也是一件挺有趣的事吧？热心于工作的OL“薰”是个普通人，而她的老公则是沉迷于某大型网路留言版的阿宅，故事就围绕着这样的夫妻日常展开~看看本季两人又会怎样花式秀恩爱吧！
