自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
霊媒体質の幻燈河螢多朗（げんとうが けいたろう）は、かつて霊障を受け、友人を巻き込んで以来引きこもりに。社会復帰すべく家庭教師を始めたところに、不思議な瞳を持つ少女・寶月夜宵（ほうづき やよい）と出会う。母親を悪霊に連れ去られた夜宵は、手がかりを求め心霊スポットを巡っていた。強い霊媒体質の夜宵だが霊に避けられており、そのため螢多朗の引き寄せ体質を必要としていた。一方、螢多朗は自分と大切な人の呪いを解くため、霊媒体質に対処できる力をつけることを決意し、二人は協力関係を結ぶことに。最高にクレイジーな新感覚オカルトホラーがここに開幕！
