大财团公子哥市之宫行（神谷浩史 配音）自由不知愁滋味，俨然叼着金汤匙出生的金贵少爷，就读于名门学府T大的他即将毕业，未来的人生一片光明，令人欣羡。他铭记市之宫家的家训“不求人，不欠人”，并以此为傲。可是现实的残酷却不得不令他拖欠人情，在开车通过荒川河时，他被几名少年抢走名贵跑车，裤子也被强行扒下挂在桥顶。强逞英雄的阿行爬桥不慎跌落水中，危急时刻被附近的少女小珊（坂本真绫 配音）救助。拖欠了人情的阿行答应作小珊的恋人，他极不情愿地随着这个自称金星人的少女留在荒川河床，并解释了在此生活的一对电波系怪人：河童村长、星星、武士、修女、铁人兄弟等。有趣怪诞的故事就此展开…… 本片根据中村光的同名漫画改编。
日本承办的全球最大体育盛事WSG即将在东京举办开幕式。 为此，融合日本先进技术打造最高时速1000km的「真空超电导磁悬浮」即将通车。往返于新名古屋站至东京新开的芝浜站。 在这个万众瞩目的关头，汇集知名赞助商的酒会现场遇到了突发事件。 知名企业的高官接连遭到绑架。事件背后，是全程监视的赤井秀一，以及等候赤井发令的FBI探员们的身影。 根据柯南的推理，本次事件也许与15年前美国波士顿发生的WSG绑架事件有关，当时也是由FBI管辖。 这真的是偶然吗？在各国游客聚集的日本到底会遇到什么样的事件？ “贯穿日本的子弹”超真空电导磁悬浮启动之时，“危险一家人”终于集结！
イッシュリーグ終幕後、サトシ一行はカノコタウンに戻ってリーグ戦の結果をアララギ博士に報告。オーキド博士への連絡も済ませたサトシがカントー地方への帰還を考えていたところ、アララギ博士から「白の遺跡」の話を聞くことに。その遺跡はアララギ博士の父が発見した場所で、イッシュ地方に伝わる伝説のポケモン・レシラムと関係があるという。その白の遺跡に興味を引かれたサトシは、再びアイリス、デントと共に旅立つことに。 白の遺跡を目指して船に乗ったサトシ一行は、船内でポケモンの声が分かるという不思議な青年・Nと知り合う。一方、イッシュ地方では謎の組織・プラズマ団が活動を始めていた。
