历经百年的时光，将人类与外侧世界隔开的墙壁。据说那堵墙的另一边是一个从未见过的世界。火焰之水、冰之大地、砂之雪原……记载在书中的，尽是些激发少年探究心的文字。
时间流转，现在墙壁被巨人毁坏，人类正一步步接近世界的真相。
巨人的真实身份是什么？为何墙壁中会埋着巨人？巨人化的艾伦·耶格尔所持有的“坐标”之力是？以及，希丝特莉亚·雷斯究竟知道这个世界的什么事情？
在艾伦等104期兵的加入下，新体制的利威尔班建成了。开始行动后，阻拦在他们面前的，是最强最恶的敌人。
高校生の四加一樹は、周りには見えないロボットの幻影が見えるようになり変人扱いされていた。それを知った科学者の真田博士は、四加を研究室に連れてくるように娘の三月に頼む。博士はパラレルワールドを証明しようとしており、怪しげな装置に四加を座らせるが、手違いにより別世界へと転送してしまう。 平行世界に飛ばされた四加は、特定の人間しか操縦できないコアロボット1号機”ハルツィーネン”を巧みに操縦して敵を撃破する。これを知ったこの世界の真田司令長官は四加を呼び出す。四加は元の世界に返して欲しいと頼むが、侵略者との戦争が原因で理論は完成していなかった。 戦争を終わらせて早く帰るため、一緒に平行世界に飛ばされた三月と真田家に居候しつつ、ハルツィーネンを操縦して侵略者と戦うことになるのだが、それはそれとしてドタバタな日常生活が始まる。
