中世纪的中国和日本，被各个国家分而治之。天空中，由八艘船组成的城船武藏正在航行……在遥远的未来。经历了“合、合、乱”的国家，实行了与人类命运相关的“圣谱”作为原始历史的再现。然后就是各种各样的人，把迷茫和决心藏在胸口，锐意进取，开拓未来。以重叠的中世纪世界为舞台，学园里的各国学生斗争正式上演！
由于不堪忍受老师和妈妈的责骂，大雄决定实施第n次出走计划。与此同时，胖虎、小夫、静香也因为各种各样的原离家出走。小伙伴们凑在一起，但拥挤狭窄的现代都市没有他们的立锥之地。在哆啦A梦的帮助下，他们乘坐时光机来到7万年前的日本。当时这片土地上渺无人烟，绿草晴空，空气清新。小伙伴们展开想象，营造属于自己的快乐家园。 偶然间，他们遇到从远古穿越时空来到现代的中国少年克克鲁。克克鲁生在爱好和平的光明族，他们这一族被凶恶残暴的黑暗族袭击，克克鲁则恰巧碰到时空乱流来到现代。大雄他们将克克鲁带到7万年前的日本，小伙伴们同情这个男孩的遭遇，决定帮助他打败黑暗族，拯救族人……
故事舞台设定在全住宿制女子高中的一个班级——10年黑组之中，这个班级里的学生都是由暗杀者构成的，她们全都瞄准了她们的同学一之濑晴的性命。即使她的性命被众多人觊觎，一之濑晴依然发誓一定会活着毕业。另一方面，同样也是准备夺取一之濑晴的性命的暗杀者转校生东兔角却在一次次接近晴时，渐渐的被晴所吸引。在同学们对晴展开攻击之时，兔角则以保护者的姿态与她们开始了战斗。
