久住直树（绿川光 配音）是一个拥有着灰暗过去的男孩，五年前，一场可怕的意外夺走了他的双亲令他成为孤儿，同时也带走了他的记忆。一天，直树在偶然之中看到了一位美丽的天使少女从天而降，哪知道第二天，这个天使以转校生的身份成为了直树的同学，她的名字叫做天崎美琴（草柳顺子 配音）。 在直树就读的莲美台学园，有着许多可爱的女孩。温柔贤惠的保健委员藤枝保奈美（神田理江 配音）、总是用无尽的耐心包容着一切的橘千寻（一美 配音）、性格活泼开朗的御宅美少女涉横茉理（梶田夕贵 配音），在这些女孩们的帮助下，直树能否渡过难关并且找回属于自己的记忆呢？
即将升上初中二年级的朝日奈未来，在春假的某天晚上，看到一神秘物体从天落入附近的公园里。“难道是魔法使？”，兴奋的未来第二天一早就和自小就喜爱着的绒毛玩具熊“毛芙伦”一起向公园前进。结果在那里看到的是……骑着扫帚漂浮在空中的女孩……自称是理子的那个女孩子，竟然是魔法使。 未来对魔法使非常感兴趣，对理子问东问西的。理子好像是为寻找“某物”而来到未来居住的世界。此外，仔细一看，她们两人带着同样的吊坠…。 就在此时，暗之魔法使•多库罗克希的部下巴提在两人面前出现。他逼迫理子交出“波纹翡翠”（リンクルストーン・エメラルド，Wrinkle Stone Emerald），但是理子好像也在寻找“波纹翡翠”…… 当被巴提的黑暗魔法所诞生的怪物欲望怪逼入绝境时……未来和理子、还有毛芙伦手牵着手，不断地喊出魔法的咒文“Cure Up・Rapapa! ”，吊坠突然发出了光辉。 于是，传说的魔法使“光之美少女”就此诞生。
