被称为仙兵器的少女与剩下的准英雄之间的虚幻而痛苦的故事。
地球后的世界被不明怪物“野兽”蹂躏，包括人类在内的许多种族都被毁灭。
勉强幸存的种族离开了地面，定居在被称为雷古鲁厄尔的空中岛屿上。
500年后在天空中苏醒的威廉·克梅修斯，在无法保护自己想要保护的东西，甚至孤身一人的绝望中，过着孤独的生活，却意外展开武器管理工作，结识了少女们 .
世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动！
