4年了，距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。 天人组织消失了，世界从3个巨大的国家联盟统一为一个联合政府，世界已经统一。但是，这只是表象。表面的政治统一，但军方秘密组织A-LAWS在暗中从事武装镇压，镇压所有反对联合政府的组织与团体。这样的世界，没有改变。人类依然没有从战争、纷争、矛盾之中解脱出来。天人组织再次回归！高达驾驶员刹那•F•清英驾驶新型号的机器人——高达00再次武力介入。这次，天人组织要面对的不仅是A-LAWS的机动战士部队，还有神秘组织变革者——其首领里冯兹正在计划一个更大的阴谋！ 《机动战士高达00》系列动画片第2季。
主角高町奈叶是一名普通的小学三年级女生。在去补习班的路上，她和朋友们发现了来自不同世界米德其路达（翻译米德芝尔达）的雪貂尤诺·斯克莱亚。他用心灵感应告诉奈叶，他来到这个世界的原因是为了回收他挖掘的太古遗产（平行维度中高度文明的遗产）“宝石种子”。奈叶决定取代尤诺出面回收，以保护可能因宝石种子而被破坏的城镇。没想到，这只是一系列事件的开始。他们相遇的目的和他们一样，因为回收宝石种子而出现的神秘金发女巫导师是...
所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
