悠长的历史之中,人类曾一度因被巨人捕食而崩溃。幸存下来的人们建造了一面巨大的墙壁,防止了巨人的入侵。不过,作为“和平”的代价,人类失去了到墙壁的外面去这一“自由”如同被圈养的畜生一般安稳的生活着，只有主人公艾伦·耶格尔对还没见过的外面的世界抱有兴趣。在他正做着到墙壁的外面去这个梦的时候,出现了一个比墙还要高的巨人！！
僕は、思い出せずにいる。自分が一体、何なのか――。魔法学校の生徒セービルは、入学以前の記憶がない。自分がなぜここにいるかもわからないまま過ごす学校生活はどこか空虚で、努力の方法も分からないまま、成績は常に最下位だ。そんなセービルに、魔法学校の学長・アルバスは、突如危険な特別実習を言い渡す。「魔女狩りのある地域で、魔法の有用性を広めてほしい」魔女と教会の戦争が終結して数年――世界はまだ、魔女と魔法を完全に受け入れてはいなかった。時は魔法使い黎明期。これは、何者でもない少年が、心に傷を隠した仲間たちと、自分を見つける物語。
