郊区的一个小镇。这是一个非常普通的村庄，随处可见.事实并非如此。居民们发生了巨大的变化。然而，即使在这样的情况下，千仓静也有一种强烈的感觉。我想再次见到我失踪的朋友！静鹤和他的朋友乘坐废弃的火车去了外面的世界我不知道他们是否能活着回来。末日列车的终点是什么？
第二次新吉翁战争结束12年后U.C.105年，由于地球联邦政府的腐败和地球环境污染的加速，在强迫平民前往宇宙的同时，也开始实施不人道的政策“人类狩猎”在这种形势下，反地球联邦政府运动组织“马夫蒂”，在组织首领：马夫蒂·纳比尤·艾林”他的真实身份是联邦军中久负盛名的一年战争的英雄，联邦上校布莱德·诺亚之子哈萨维·诺亚）的指导下，发动了一系列的恐怖活动，如暗杀反地球 美国联邦官员。继承了阿姆罗·雷和夏亚·阿兹纳布尔的思想，一个不断为自己内心的意志和道路而奋斗的士兵，却和联盟上校凯奈斯·斯雷克和谜之少女琪琪·安达露西亚相遇，这也是一次改变他们命运的相遇。
