因历代祖先的形象，以及父亲的滥情行径，而长年坚持独身主义的大学生赤神明光，因一场意外邂逅少女苍叶结月，并对她一见钟情。茶饭不思的明光为祛除杂念，决定休学出家，不料前往的寺庙正是结月居住的尼姑庵。
堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。 园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。 然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕，绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑，要在罪犯引爆最后一个炸弹前，把他找出来。
被杀了。果然又被杀了。 追月朔也是一位半吊子的高中生侦探，有一个被称为“传说中的名侦探”的父亲。 今天本应也该接受委托，然后兴致勃勃地去做一些找猫、或是调查外遇之类的平凡的工作，不知为何他却被杀人事件卷入。 而且“被害者”居然是自己！？ 多亏特殊体质每次都能重生的朔也，用膝枕迎接他的则是优秀的助手莉莉提亚。 「您又被杀了呢，侦探大人。」 「......似乎是呢。」 作为侦探，以及作为受害者，朔也如字面意思，搏命解决了无数的疑难案件。
