故事发生在一个存在着魔力的世界之中，在这里，魔力只出现在年幼的少女们身上，随着年岁渐长，这种魔力会慢慢减弱直至消失不见。随着时代的发展和科技的进步，少女们身上这种神秘的力量获得了越来越多的重视和使用，而这些天真而又单纯的少女们，开始活跃在各行各业的前沿位置。某日，一种充满了攻击性的异形生物忽然出现，人们称之为“内伍罗伊”，当内伍罗伊的侵略有着越来越强劲之势头时，魔女们挺身而出。 开朗乐观的宫藤芳佳（福圆美里 配音）、实力强大雷厉风行的坂本美绪（千叶纱子 配音）、大大咧咧丢三落四的莉涅特（名冢佳织 配音）、自信满满高傲可爱的佩瑞妮（泽城美雪 配音），为了保护赖以生存的家园，她们随时做好了付出生命的准备。
人类史上最初的太空人居然是——一名吸血鬼少女。世界大战终战后，二分世界的超大国——东方的基尼特拉共和国联邦与西方的阿纳克联合王国。两国对领土的野心，都瞄向了宇宙。在炽烈的开发竞争之下，现在——东历1960年。共和国联邦最高领导人格吉耶夫发令了有人宇宙飞行计划“梦计划”。只要计划成功，这会便是人类史上首次达成的壮举。同一时期，太空人培训生候补列夫·雷普斯接到了一份机密任务。“诺斯菲拉特计划”——在有人飞行之前，作为实验先让吸血鬼代人类试飞的计划。列夫的任务是24小时监视以及训练吸血鬼实验体、伊琳娜·卢米涅斯克。列夫与伊琳娜、人类与吸血鬼、监视人与被实验体——即使被种族之壁与国家的自我中心所摆布，共有着对宇宙的纯粹念想的两人，一同以宇宙为目标前进着。
春天到了，已经进入高中三年级的北川优子还在想着做蛋糕。
春晚放学回家的路上，玉子的四位朋友一行人畅谈着未来。 众人虽然对此有些不安，但似乎对未来也有深思熟虑。 玉子还无意中说，她以后要继承家业。
与此同时，住在玉子家对面，一直陪在她身边的莫伊佐，也下定了决心。
周围的各种事情都在逐渐发生变化，一点一点地震动着玉子的心。
哆啦A梦与大雄驾驶具有时光跳跃机能的“时光齐柏林飞船”，为了寻找自古以来许多冒险家梦寐以求的亚特兰提斯和龙宫城等每个人都曾想像过的梦幻乌托邦，在空中展开了一场大冒险。
克劳斯在成功抓获《尸》的同伙后返回阳炎宫。 然而，在那里得知的却是缇雅、莫妮卡、安妮特和爱尔娜选拔组的失踪。 选拔组的女孩们在度假时遇见了一位因失忆而来历不明的女孩——安妮特的母亲。 每个人都对重聚感到兴奋，但这却是分裂团队残酷命运的开始。 失踪少女的《秘密的任务》到底是什么？ 世界最强的间谍们、世界最大的欺骗！
鲁路修本是帝国的王子，在母后遇害后，和失明的妹妹一起被流放到11区（原日本国）作为人质。在那里他们结识了日本王子朱雀，三人共同度过一段美好的童年时光。帝国最终全面攻陷了11区，鲁路修和妹妹的安宁生活再次被剥夺，朱雀和他们也分散了。 鲁路修和妹妹隐瞒身份，过着看似平凡的学生生活。然而鲁路修心中对于帝国的仇恨却未停止。他希望摧毁帝国，为妹妹营造一个可以快乐生活的世界。这一切随着神秘少女C.C的出现变得不再遥不可及。 此时朱雀也再次出现在他们的生活中，然而残酷的现实让童年的挚友难以重温童年往事。这里没有正义和邪恶，黑暗与光明，有的仅仅是艰难的抉择和难以预料的明天。
