故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了， 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
一个出门不带脑子、智商时常不在服务区的未成年笨蛋女孩，遇上了一个思维能力爆表，有材料就能制造原子弹的冷面技术宅。 本身不可能在同一个世界的两人，一个为了摆脱智障的帽子，一个为了不去自己不喜欢的地方居住，破天荒地组合在了一起。为了在高考证明自己而求师的米栗，为了赶走她自己享受清静而各种套路的百曳，两人在各种争执中反而向另一种方向发展开来！
