数千年后的未来，进入宇宙空间的人类， 被分为银河帝国与自由行星同盟这两个 拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。 两国之间的抗争持续了150年， 以无边无际的广袤银河为舞台， 重复着无止境的战斗。 银河帝国的门阀贵族社会的腐败， 以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治 侵蚀着两个国家。 之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。 “常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆， 以及人称“不败的魔术师”的杨威利。 两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
北原伊织升入大学后，开始寄住在伊豆的叔父所经营的潜水用具店“Grand Blue”。传入耳中的波涛声、炽烈照射的太阳、开始一起生活的可爱表姐妹……青春的大学生活！这样的伊织所面临的却是——除了野球拳以外的猜拳一概不知的强壮男人们！！刚一入学就被大学潜水社团“Peek a Boo”所盯上了的伊织，在会长时·田信治和三年级学生·寿龙次郎的怂恿下，不知不觉已经身为社团的一员加入了他们的愚蠢喧嚣中。在大学中认识的虽然长得帅但性格却很遗憾的宅男——今村耕平也加入其中，他们的青春向着越来越奇怪的方向转进。明明在寄住的地方有着可爱的表姐妹——古手川姐妹，但自己却被妹妹千纱当成垃圾看待，而姐姐奈奈华又是重度妹控，根本无法成为对象。在可爱的全裸笨蛋们的包围之下，伊织的大学生活究竟会变得如何……。
