天才少年古云，因为被上古神族中下神印，导致灵力减弱，成为青山门公认的废物，被贬为杂役。父亲因此被牵连，废除族长之位，囚禁在敌人飞卢家族的天牢里。这时古云发现了自己身上隐藏的秘密，并且跟古神达成合作协议。
真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。 但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。 为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗── 在激战的彼端，等待着他的是……
北原伊织升入大学后，开始寄住在伊豆的叔父所经营的潜水用具店“Grand Blue”。传入耳中的波涛声、炽烈照射的太阳、开始一起生活的可爱表姐妹……青春的大学生活！这样的伊织所面临的却是——除了野球拳以外的猜拳一概不知的强壮男人们！！刚一入学就被大学潜水社团“Peek a Boo”所盯上了的伊织，在会长时·田信治和三年级学生·寿龙次郎的怂恿下，不知不觉已经身为社团的一员加入了他们的愚蠢喧嚣中。在大学中认识的虽然长得帅但性格却很遗憾的宅男——今村耕平也加入其中，他们的青春向着越来越奇怪的方向转进。明明在寄住的地方有着可爱的表姐妹——古手川姐妹，但自己却被妹妹千纱当成垃圾看待，而姐姐奈奈华又是重度妹控，根本无法成为对象。在可爱的全裸笨蛋们的包围之下，伊织的大学生活究竟会变得如何……。
