天才少年古云，因为被上古神族中下神印，导致灵力减弱，成为青山门公认的废物，被贬为杂役。父亲因此被牵连，废除族长之位，囚禁在敌人飞卢家族的天牢里。这时古云发现了自己身上隐藏的秘密，并且跟古神达成合作协议。
被誉为世界最强魔法师的「贤者」盖亚斯，感受到自己与生俱来的纹章的性能已经到达了极限。他为了变更纹章而采取的方法，则是通过转生来获得新的躯体！他转生到了遥远的未来世界，得到了渴求已久的「最适合魔法战斗的纹章」，以及马蒂亚斯这个名字。然而在这个时代，这个纹章却不知为何被称为「失格纹」……！时过境迁，当今世界魔法衰退，充斥着低水准的魔法理论。兼具魔法战斗最强的「失格纹」与贤者智慧的少年马蒂亚斯，将不断打破这个世界的常识！
「旭丘分校」的学生，仅有五人。 虽然学年性格各不相同，但大家一起做菜、一起捉虫、一起试着练习乐器……春夏秋冬四季变换的乡村生活，一直都那么让人兴奋。 虽然一如既往地平和，但在欢笑和感动当中，心中也变得温暖起来。 悠哉悠哉的几位成员所度过的日常，再一次开始了。
在20世纪50年代初，突然出现的未知生命形式“甲骨文细胞”开始“捕获”地球上的一切对象。它的存在，它吞噬了一切，并取得了各种差异，作为一个凶猛的生命形式，不知不觉中，人们惊恐地称它为“阿拉加米”。现有的武器在阿拉加米之前没有任何效果，城市文明崩溃，人类逐渐被剥夺了栖息地。这种人类的光明是存在的。一种嵌入甲骨文细胞的生物武器“神机”被开发出来，并组织了特种部队，俗称“神食者”来操纵它。在一个被粗糙的神压迫的世界里，“上帝之物”的明天无战的幕布拉开。
