悠长的历史之中,人类曾一度因被巨人捕食而崩溃。幸存下来的人们建造了一面巨大的墙壁,防止了巨人的入侵。不过,作为“和平”的代价,人类失去了到墙壁的外面去这一“自由”如同被圈养的畜生一般安稳的生活着，只有主人公艾伦·耶格尔对还没见过的外面的世界抱有兴趣。在他正做着到墙壁的外面去这个梦的时候,出现了一个比墙还要高的巨人！！
主人公·秋山奏隶属于学校的天文学会，而天文学会当中有着许多个性丰富的成员。他们在一起解决发生在内滨学园的各种怪异事件。而他之所以加入天文学会，也有着一段不为人知的故事：某天因为受伤的关系，他放学后不得不继续留在学校的保健室当中，这时他却听到教学楼方向传来奇怪的声音。而当他急忙赶到现场后，居然发现一名全裸的少女倒在地上！这个名叫古川唯的少女虽然没有明确表露身份，但似乎早就认识秋山奏的样子。第二天秋山奏就加入了天文学会，然后受到学生会的委托，开始与天文学会的成员一起调查学校周围发生的“校内幽灵事件”、“睡眠病”、“事故频发地区”等灵异事件……
