故事主要发生在虚构的大陆『布里塔利亚』上的国家『里昂妮丝王国』，王国的圣骑士们为了准备传说中的圣战而进行军备强化，然而圣骑士团的诸多暴行使得整个国家民不聊生，甚至发动政变囚禁了国王。担忧着国家现状的第三王女『伊丽莎白』，将救国的希望寄托于十年前因涉嫌颠覆王国而被通缉的骑士团『七大罪』从而独自踏上寻找的旅程。注定无果的旅程中，疲惫不堪的伊丽莎白误入某个酒店，被酒店的主人、一名金发少年救下，这名少年正是『七大罪』的团长梅利奥达斯。在将公主从追兵的危机中解救出来后，他们踏上了拯救国家未来的旅途
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
