东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。 这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
故事的主人公市之宫行是一家企业总裁的儿子，时刻准备着继承世界顶级的家族企业。从小，父亲就告诉他“不欠任何人，不求人”的原则，他一直遵守家训。
然而，在一次意外溺水中，邢被荒川桥下的一位渔民救了，因此他欠下了自己的救命之恩。为了报答恩情，我要求OK和她谈恋爱，永远在一起。因为家庭的管教，我不得不答应，我开始住在桥下。然而，荒川远比市之宫行想象的要怪异，大部分居民被社会认定为有着疯狂幻想的“电波”...
