堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。 园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。 然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕，绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑，要在罪犯引爆最后一个炸弹前，把他找出来。
The New Gate是一部大型多人线上游戏，而玩家被迫困在这个游戏里进行死亡游戏，若是不打赢最终BOSS的守护者，便无法登出游戏。男主角进是The New Gate的老手集最强玩家之一，在打赢守护者后，系统传来了游戏破关，能够执行登出的时候，本来打算确认完全部玩家登出后再登出时，身后却出现一道未曾看过的大门，伴随著强光而打开的大门，进醒来后却发现自己身处于与游戏相同的世界，并辗转得知自己穿越到游戏破关500年后的世界……
