爱德华德和他的弟弟阿尔芬斯十分思念在他们还小的时候亡故的母亲，实行了炼金术中最大的禁忌——可以将死者复活的人体炼成。 可是炼成失败，爱德华德失去了左腿，阿尔芬斯则失去了全身。爱德华德好不容易才以牺牲自己的右臂为代价将弟弟的灵魂炼成，并定着在一副铠甲上，可是其代价未免太大了。爱德华德和阿尔芬斯一起，为了找回所失去的一切，开始踏上了寻找拥有极大力量的“贤者之石”的旅程。 右臂和左腿用钢制义肢“机械铠”来替代的他，被人们称为“钢之炼金术师”…
魔法使芙莉莲和勇者辛美尔等人一起，历经十年的冒险之后击败了魔王，为世界带来了和平。身为能活上一千多年的精灵族，她于是和辛美尔等人约定再次相见后，踏上了独自一人的旅途。自那以后，50年过去，芙莉莲又前往拜访辛美尔，相比于和50年前一点没变的她来说，辛美尔已经年迈体衰，进入了风烛残年。之后，她目睹了辛美尔迎来他的死亡，痛感自己以往没能“知晓人心"，陷入后悔的芙莉莲，为了“知晓人心"，踏上了旅途。这趟旅途会邂逅各种各样的人，也有各种各样的事情在等待着她。
