大雄突发奇想，想要凭借自己的力量飞上天空。他自制翅膀，在学校的后山辛苦练习，可惜屡战屡败。正在这时，一架人力飞机通过异次元空间出现在上空，飞机连同驾驶员一同栽了下来。大雄、静香和哆啦A梦救助了这个拥有翅膀的奇怪家伙，他名叫古斯基，来自鸟的国度——鸟托邦。在修好飞行器后，古斯基准备返回自己的国家，结果胖虎和小夫突然出现，阴差阳错闯入异次元空间，为了救回伙伴，大雄他们也随同前往。鸟人警备队长官滋古连度对人类极度憎恨，他企图消灭所有人类，大雄和小伙伴在鸟托邦的冒险就此展开…… 本片根据日本漫画家藤子F不二雄的长篇同名漫画改编。
漂浮在日本海的孤岛、鸦濡羽岛。岛的主人赤神伊梨亚将各个领域的天才们邀请至岛上的宅邸做客。但在某天早上，宅邸中发现了一具被斩首的无头尸体。而且，事件并没有就这样简单地结束——
