春天，在新生决定社团的时候，田井中律硬拉着青梅竹马的秋山澪参观轻音部让其入部，在得知前辈们毕业后由于人数不足将面临闭部结局，秋山澪与琴吹紬成为了轻音部成员，但离4人指标还差1位名额。这时，一名弄错了部名的少女平泽唯误打误撞之下填补了最后一位空位，但这位少女却是一个连乐谱也看不懂的新人，学习成绩又差。而就是这样的4名少女，却展开了奏响青春的音乐之旅。
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
