2002年冬天，横浜大桥突然被战斗机炸毁，媒体虽然报导此为自卫队战机所为，但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤（大林隆介 配音）队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年，日本陆上自卫队的机器人 小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云（榊原良子 配音）原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰，处于戒严状态的东京面临着大骚乱，人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下，后藤（大林隆介 配音）和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉（富永美伊奈 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特车二课原来的成员们，启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地…… 本片是押井守导演推出了《机动警察PATLABOR》的第二部剧场版。
ヴァンガードで運命大戦に勝利し、妹ヒカリの健康を叶えた明導アキナ。 運命者カードの所有者たちを招集したガブエリウスは、運命大戦の真の目的を明かす。 そして現れるもう一体のぬいぐるみ、シヴィルト。 6人の宿命者カードの所有者を引き連れたシヴィルトは、 勝利した者たちが願いを叶えられるという「宿命決戦」の開幕を宣言する。 運命vs宿命、因縁と思惑が交差する激しい戦いが始まった！
