故事发生在大正25年。帝都东京。 正当华族出生的久世鸫为守护没落家族决意联姻时，弟弟久世鹟却被卷入被称作“稀有之物”、会对读者产生巨大影响的书所引起的事件之中。 鸫以此为契机，能够看见被称为“灵韵”的、稀有之物所散发出的寄居者的情感，此时，“帝国图书情报资产管理局”（通称“鸱鸺”）的人出现在困惑的鸫面前。他们是保护·管理“稀有之物”的组织，并委托鸫协助调查“稀有之物”。鸫虽然犹豫，却还是决定参与“鸱鸺”，展开对“稀有之物”的调查活动—— 这是一部讲述一位命运如天秤般摇摆不定的少女的故事。
人世间存在着大大小小的谜团，当这些谜团被解开之时会释放出或强或弱的能量，食脑奈罗（子安武人 配音）就是专门食用这些能量的魔族，当魔界再无可以解开的谜团之后，他来到了人世，只为了寻找那能够满足他的极致的谜团。 桂木弥子（植田佳奈 配音）是一名拥有着悲惨过去的高中女生，她的父亲死于非命，然而凶手至今未被找到。命运让充满了谜团的弥子和憧憬着谜团的奈罗相遇了，在奈罗的帮助下，弥子终于解开了事件的真相。之后，奈罗和弥子开设了魔界侦探事务所，弥子虽为名誉上的所长，但真正运转侦探社，解开谜题的却是拥有着恐怖魔人力量的奈罗，两人联手解开了一系列匪夷所思的案件，使得黑暗的人性在光天化日之下无处遁形。
只有被選上的人才能操縱的「案山子」，據說是神的分身而受人祭祀。就在此時，東京這個大都市竟然陸續出現離奇死亡案件!!究竟是人類所為？還是…
即将升上初中二年级的朝日奈未来，在春假的某天晚上，看到一神秘物体从天落入附近的公园里。“难道是魔法使？”，兴奋的未来第二天一早就和自小就喜爱着的绒毛玩具熊“毛芙伦”一起向公园前进。结果在那里看到的是……骑着扫帚漂浮在空中的女孩……自称是理子的那个女孩子，竟然是魔法使。 未来对魔法使非常感兴趣，对理子问东问西的。理子好像是为寻找“某物”而来到未来居住的世界。此外，仔细一看，她们两人带着同样的吊坠…。 就在此时，暗之魔法使•多库罗克希的部下巴提在两人面前出现。他逼迫理子交出“波纹翡翠”（リンクルストーン・エメラルド，Wrinkle Stone Emerald），但是理子好像也在寻找“波纹翡翠”…… 当被巴提的黑暗魔法所诞生的怪物欲望怪逼入绝境时……未来和理子、还有毛芙伦手牵着手，不断地喊出魔法的咒文“Cure Up・Rapapa! ”，吊坠突然发出了光辉。 于是，传说的魔法使“光之美少女”就此诞生。
