世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动！
极为平凡的御宅族大学生·岩谷尚文，受到在图书馆发现的一本书所引导，被召唤到了异世界。他被赋予的使命，是作为装备着剑、枪、弓、盾的四圣勇者之一“盾之勇者”，驱逐给世界带来混沌的灾害“波”。因为大冒险而心潮澎湃，和同伴一同踏上旅程的尚文。但，他刚出发没几天就遭到背叛，金钱和立场全都失去。变得无法相信他人的尚文，驱使着奴隶少女·拉芙塔莉雅，向波和世界发起对抗——。究竟他能否打破这种绝望的状况？失去一切的男人的成名奇幻故事，开幕。
影片片名致敬了小说家吉野源三郎在1937年发表的同名著书，但电影故事完全由宫崎骏原创。讲述二战后丧母的少年牧真人与一只会说话的蓝鹭相遇，展开不可思议的冒险旅程。
故事讲述了在L.C.922年，人们正在面对空前的危机。在神话世界的百年战争终结后，败下阵来的魔神们为了在地上寻求新的安居之处，向人类世界袭来。背负着守护街区宿命的警察特殊机关ALCA，旗下年轻的定理者们被强制与拥有特殊能力的异世界女神们合体，进而投身战场之中。
