悠长的历史之中,人类曾一度因被巨人捕食而崩溃。幸存下来的人们建造了一面巨大的墙壁,防止了巨人的入侵。不过,作为“和平”的代价,人类失去了到墙壁的外面去这一“自由”如同被圈养的畜生一般安稳的生活着，只有主人公艾伦·耶格尔对还没见过的外面的世界抱有兴趣。在他正做着到墙壁的外面去这个梦的时候,出现了一个比墙还要高的巨人！！
ベリューレン社により戦時中開発された新技術「身体機能拡張技術」。 その技術により身体の一部、もしくは全部を機械化された者は、拡張者（エクステンド）と呼ばれていた。 拡張者と生身の人間の非拡張者が混在する社会では常にいざこざが絶えず、それらの問題を解決する「処理屋」を、 乾十三（いぬいじゅうぞう）は生業としていた。 そして、十三自身も、頭部が巨大な銃の「拡張者」だった。 ある日、十三は、全身拡張者の大男から一人の少年の保護を依頼される。 その少年の名は荒吐鉄朗（あらはばきてつろう）。ベリューレン社から誘拐された少年だった。 だが、十三は依頼を受けたもののベリューレン社からの追手に、鉄朗を奪われてしまう。 十三はなりゆきで街を牛耳るベリューレン社と事を構えることになるのだが… 鉄朗を誘拐した全身拡張者の男は何者なのか？ ベリューレン社と鉄朗の関係は？
