悠长的历史之中,人类曾一度因被巨人捕食而崩溃。幸存下来的人们建造了一面巨大的墙壁,防止了巨人的入侵。不过,作为“和平”的代价,人类失去了到墙壁的外面去这一“自由”如同被圈养的畜生一般安稳的生活着，只有主人公艾伦·耶格尔对还没见过的外面的世界抱有兴趣。在他正做着到墙壁的外面去这个梦的时候,出现了一个比墙还要高的巨人！！
爱德华德和他的弟弟阿尔芬斯十分思念在他们还小的时候亡故的母亲，实行了炼金术中最大的禁忌——可以将死者复活的人体炼成。 可是炼成失败，爱德华德失去了左腿，阿尔芬斯则失去了全身。爱德华德好不容易才以牺牲自己的右臂为代价将弟弟的灵魂炼成，并定着在一副铠甲上，可是其代价未免太大了。爱德华德和阿尔芬斯一起，为了找回所失去的一切，开始踏上了寻找拥有极大力量的“贤者之石”的旅程。 右臂和左腿用钢制义肢“机械铠”来替代的他，被人们称为“钢之炼金术师”…
