天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了。
被誉为世界最强魔法师的「贤者」盖亚斯，感受到自己与生俱来的纹章的性能已经到达了极限。他为了变更纹章而采取的方法，则是通过转生来获得新的躯体！他转生到了遥远的未来世界，得到了渴求已久的「最适合魔法战斗的纹章」，以及马蒂亚斯这个名字。然而在这个时代，这个纹章却不知为何被称为「失格纹」……！时过境迁，当今世界魔法衰退，充斥着低水准的魔法理论。兼具魔法战斗最强的「失格纹」与贤者智慧的少年马蒂亚斯，将不断打破这个世界的常识！
