天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了。
漂浮于东京湾上的人工岛「极东法令外特别地区」——通称“24区”。 生长于这座岛上的翔太、兰和昂辉虽然家庭、爱好和性格各不相同，却是形影不离的竹马之交。然而他们的关系却因为某桩案件发生了巨大的变化。 在案件的一周年追思弥撒上，偶然重逢的三人的电话突然一齐响起。那是本应已逝去的同伴的来电，逼迫他们作出“未来的选择”。三人以自己深信的方式，试图守护所爱的24区和人们的未来，然而——
——这样子好吗？那是成长于连1分1秒也无法宽恕的少年心中，重复了无数遍的疑问。在给人一种仿如罪恶的感觉一般的平稳的生活中相遇的少女们，就像是看见了过去自己一样，刺痛着少年的心。——那个少女所发现的、活着的意义无需伪装的、真正的自己————拼命活下去是怎么一回事被自己保护的一方变成了保护自己的一方————活着是有意义的，真的是有意义的。因为少年的干涉，少女们灰色的果树园再次染上颜色。我们无法拥有永远。但是，不放开已经抓住了的手还是办得到的吧。这就是，一个少年隐藏在心里的一个决定——
以成为偶像为目标的女高中生东优羽，她在学校为自己定了四项规则——“不要使用社群网站”、“不交男朋友”、“在学校保持低调”、“和来自东西南北的美少女成为朋友”，并和她们组成4人偶像团体。
