故事发生在未来纪元，地球经历了未知变故，地貌环境大变。新纪元人类为了克服恶劣的生存环境，恢复地球生态，依赖和使用大型机械载具和变形机甲。边陲小镇少年林一，从小与父亲生活在一起。父亲因神秘事件外出未归，林一踏上了寻找父亲的旅途。积极探寻生命续的意义和善的美好。随着地球变故的真相“人工智能之乱”浮出水面，同时面对不同智慧文明的碰撞，男孩与伙伴将该如何坚守善的本心为新纪元带来光明和希望。
西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。 仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用＜人造人＞士兵展开反攻作战。 然而无限增加的＜机械生物＞阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人＜寄叶＞部队至地球。刚被派往地球的＜2B＞与先行调查员＜9S＞会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……。 这是关于为人类而战，无生命＜人造人＞的故事－－ PS：Automata指的是“自动人形”，别再机械纪元求求了。
平凡的高中生相川步，在莫名其妙的因缘下被卷入震惊社会的连环杀人案中身亡，但他竟然死而复生了。原来在事件发生之前与步偶然邂逅的死灵法师优，将他变成了僵尸而复活。再加上来自魔法世界的少女战士春奈，与另一个吸血忍者少女瑟拉，甚至演变成步跟她们全同居在一起的局面……
