平常的早晨。 通常的音乐。 平常的自己。七个女孩的幸福突然崩溃了。死去和蠕动，被僵尸...她们不可避免地踏入的世界，“最好×最坏的僵尸世界”的女孩们只有一个愿望。“我们想活下去。”这是女孩创造奇迹的故事。
有着重度中二病的阴沉少年市川京太郎，因为很看不惯位于学校金字塔顶端的阳角美少女山田杏奈，每天都在妄想着要怎么结束掉她的性命。没想到在一次偶然情况下，京太郎撞见了杏奈不为人知的一面，爱吃零食的她常躲进京太郎的圣地图书室偷吃零食，就这样图书室变成了他们两个交集的秘密基地。随着市川的一步步观察，他发现平时以“清高、阳光”等性格示人的山田有着不为人知的一面…… 阴暗少年京太郎的初恋，萌芽了！阳角美少女×阴角男子，原本不可能缩短距离的两人，会发生奇迹吗？极甜的青涩校园爱情喜剧开始——！
堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。 园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。 然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕，绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑，要在罪犯引爆最后一个炸弹前，把他找出来。
