这里是，“人”“神”“魔”各个种族混杂在一起的神秘世界密斯塔尔希亚。快活的玛娜莉亚王国公主“安”，内向的龙族公主“格蕾尔”。自两人的相遇之后，玛娜莉亚魔法学院的生活开始了。
克劳斯在成功抓获《尸》的同伙后返回阳炎宫。 然而，在那里得知的却是缇雅、莫妮卡、安妮特和爱尔娜选拔组的失踪。 选拔组的女孩们在度假时遇见了一位因失忆而来历不明的女孩——安妮特的母亲。 每个人都对重聚感到兴奋，但这却是分裂团队残酷命运的开始。 失踪少女的《秘密的任务》到底是什么？ 世界最强的间谍们、世界最大的欺骗！
鲁路修本是帝国的王子，在母后遇害后，和失明的妹妹一起被流放到11区（原日本国）作为人质。在那里他们结识了日本王子朱雀，三人共同度过一段美好的童年时光。帝国最终全面攻陷了11区，鲁路修和妹妹的安宁生活再次被剥夺，朱雀和他们也分散了。 鲁路修和妹妹隐瞒身份，过着看似平凡的学生生活。然而鲁路修心中对于帝国的仇恨却未停止。他希望摧毁帝国，为妹妹营造一个可以快乐生活的世界。这一切随着神秘少女C.C的出现变得不再遥不可及。 此时朱雀也再次出现在他们的生活中，然而残酷的现实让童年的挚友难以重温童年往事。这里没有正义和邪恶，黑暗与光明，有的仅仅是艰难的抉择和难以预料的明天。
