纪元背景设置为世界变动率为“1.048596%”的2019年。在机器人被广泛应用的未来，种子岛中央高校 “机器人研究部”面临着被淘汰的危机，而即使在这种情况下，八汐海翔依然对“机器人研究部”感兴趣，依然热衷于机器人格斗游戏。另一个是废材部长瀬乃宮秋穂，为了避免报废，正在争取“完成巨型机器人”。然而，有一天，海翔发现了一个A.R.笔记的副本，名为“君岛报告”。在这个笔记里，有一个很大的阴谋，就是某个叫君岛安科的人会把全世界都牵扯进来。
欺骗，隐瞒，自相残杀。获得了魔法力量的女生残酷无情的生存游戏！极度流行的社交游戏《魔法少女育成计划》是一款可以创造出真正的魔法少女的奇迹游戏。几个年轻女孩有幸得到了魔力，过上了充实的一天。然而有一天，运营商单方面宣布“将过多的魔法少女数量减半”。接到这个通知后，十六个魔法少女的无情生存大赛就此开启。
即将升上初中二年级的朝日奈未来，在春假的某天晚上，看到一神秘物体从天落入附近的公园里。“难道是魔法使？”，兴奋的未来第二天一早就和自小就喜爱着的绒毛玩具熊“毛芙伦”一起向公园前进。结果在那里看到的是……骑着扫帚漂浮在空中的女孩……自称是理子的那个女孩子，竟然是魔法使。 未来对魔法使非常感兴趣，对理子问东问西的。理子好像是为寻找“某物”而来到未来居住的世界。此外，仔细一看，她们两人带着同样的吊坠…。 就在此时，暗之魔法使•多库罗克希的部下巴提在两人面前出现。他逼迫理子交出“波纹翡翠”（リンクルストーン・エメラルド，Wrinkle Stone Emerald），但是理子好像也在寻找“波纹翡翠”…… 当被巴提的黑暗魔法所诞生的怪物欲望怪逼入绝境时……未来和理子、还有毛芙伦手牵着手，不断地喊出魔法的咒文“Cure Up・Rapapa! ”，吊坠突然发出了光辉。 于是，传说的魔法使“光之美少女”就此诞生。
2126年的东京，是一个人工智能优化的城市，一名孤儿少女黑客隐匿其中，因为帮了她唯一的朋友一个忙，无意中卷入了由被社会排挤的摩托车手组成的慈善团伙，通过一起与毒品集团有关的谋杀案调查，揭露了这个看似乌托邦的城市背后的阴暗面。
