在青森开始做魔女！ 青森——在这片被丰饶的大自然围绕的土地上，有时会发生些不可思议的事情。 木幡真琴15岁，魔女。和黑猫千户一同从横滨过来的她，开始在青森的亲戚家里修行。虽然现在还只是仅仅能飞上天空这种程度，但她仍然和表兄妹圭和千夏一起度过着充实的生活。
イッシュリーグ終幕後、サトシ一行はカノコタウンに戻ってリーグ戦の結果をアララギ博士に報告。オーキド博士への連絡も済ませたサトシがカントー地方への帰還を考えていたところ、アララギ博士から「白の遺跡」の話を聞くことに。その遺跡はアララギ博士の父が発見した場所で、イッシュ地方に伝わる伝説のポケモン・レシラムと関係があるという。その白の遺跡に興味を引かれたサトシは、再びアイリス、デントと共に旅立つことに。 白の遺跡を目指して船に乗ったサトシ一行は、船内でポケモンの声が分かるという不思議な青年・Nと知り合う。一方、イッシュ地方では謎の組織・プラズマ団が活動を始めていた。
