在青森开始做魔女！ 青森——在这片被丰饶的大自然围绕的土地上，有时会发生些不可思议的事情。 木幡真琴15岁，魔女。和黑猫千户一同从横滨过来的她，开始在青森的亲戚家里修行。虽然现在还只是仅仅能飞上天空这种程度，但她仍然和表兄妹圭和千夏一起度过着充实的生活。
故事发生在大正25年。帝都东京。 正当华族出生的久世鸫为守护没落家族决意联姻时，弟弟久世鹟却被卷入被称作“稀有之物”、会对读者产生巨大影响的书所引起的事件之中。 鸫以此为契机，能够看见被称为“灵韵”的、稀有之物所散发出的寄居者的情感，此时，“帝国图书情报资产管理局”（通称“鸱鸺”）的人出现在困惑的鸫面前。他们是保护·管理“稀有之物”的组织，并委托鸫协助调查“稀有之物”。鸫虽然犹豫，却还是决定参与“鸱鸺”，展开对“稀有之物”的调查活动—— 这是一部讲述一位命运如天秤般摇摆不定的少女的故事。
