故事发生在科技飞速发展的未来世界,彼时,人工智能机器人早已经不是罕见之物,正慢慢地融入人类的生活之中。高考落榜之后,十八岁的青年水柿司(内匠靖明 配音)在父母的帮助下来到了SAI社工作,SAI社的主要产品即是名为“Giftia”的人形智能机器人。 水柿司被安排到了终端部门工作,来到办公室后水柿司才发现,这个部门的主要职责竟然是回收即将报废的机器人。在这里,水柿司结识了名为艾拉(雨宫天 配音)的少女,她其实正是一名机器人,艾拉外表冷漠不善言其,却有着意外可爱的一面。就这样,水柿司和艾拉成为了工作中的搭档,两人之间渐渐产生了真挚的友谊。
第二次新吉翁战争结束12年后U.C.105年,由于地球联邦政府的腐败和地球环境污染的加速,在强迫平民前往宇宙的同时,也开始实施不人道的政策“人类狩猎”在这种形势下,反地球联邦政府运动组织“马夫蒂”,在组织首领:马夫蒂·纳比尤·艾林”他的真实身份是联邦军中久负盛名的一年战争的英雄,联邦上校布莱德·诺亚之子哈萨维·诺亚)的指导下,发动了一系列的恐怖活动,如暗杀反地球 美国联邦官员。继承了阿姆罗·雷和夏亚·阿兹纳布尔的思想,一个不断为自己内心的意志和道路而奋斗的士兵,却和联盟上校凯奈斯·斯雷克和谜之少女琪琪·安达露西亚相遇,这也是一次改变他们命运的相遇。