故事开始之初，自恐龙时代就一直沉睡在地球深处的穴居人皮克尔在现代突然复活。皮克尔徒手杀死了比自己大很多倍的恐龙，并以之为食，现在成为了一名拥有超凡战斗能力的战士。刃牙能否战胜皮克尔，并与他的父亲范马勇次郎进行最终决战？
因眼神凌厉而被同学们视为坏男孩的高须龙二进入高中二年级，有幸与暗恋的女孩栉田实里同班， 她对新的校园生活充满希望。
开幕式结束后，龙儿遇到了学校里最可怕的“掌中之虎”相坂大河，周围的人都陷入了恐慌的状态。 然而，他却意外地发现，相坂也是实里最好的朋友。
两人见面的当晚，龙二发现自己暗恋着自己的好友北村佑作，而她暗恋的美乃里也被大河知道了！ 了解对方情况的两人组成了“爱情联盟战线”，开始了半普通的生活……
故事时间为战国时代，世上具有各种魑魅魍魉、异形妖怪等等总称为「暗」的存在。喜欢人类的暗·妖狐小玉，以及厌恶人类的仙道·迅火，姊弟两人进行著扫荡罪恶的救世活动。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢……
