季节经过，马上到了第二年的春天——。劣等生哥哥和优等生妹妹。两人在魔法科高中生活的第一学年即将结束。 达也和深雪等人利用春假期间，前往小笠原诸岛的某所别墅度假。 在短暂的休息当中伸展羽翼的达也等人。但，在这样的达也等人面前，一位名叫“九亚”的少女现身了。 从海军基地脱逃的这位少女，向达也传达了一个请求——。
曾从日本来访，给世界带来巨大灾害的“迷途之人”。因为他们过去带来了毁灭世界的灾难，所以被视为“禁忌指定”，有必要暗中处刑。以处刑“迷途之人”为业的“处刑人”梅诺，有一天遇到了日本少女灯里。梅诺像往常一样打算完成任务，但因为灯里的“某种能力”而以失败告终。为了确实地处刑灯里，梅诺带着她，向着能够消灭任何异世界人的仪式场地的大教堂进发。看着对这场自己即将被杀的旅行一无所知，而单纯地享受着的灯里的样子，梅诺心中有什么地方开始改变了。——这是，她为了杀她的故事。
