《饼干警长》故事发生在一个神奇的食品王国，王国里居住着各种各样的饼干人，他们单纯而善良，快乐地生活着，不按常理出牌的饼干警长与慢性子助手曲奇警员是王国的守护者，他们与妄图夺取王国统治权的霉脸大盗一伙斗争到底，在饼干城里展开了一系列有趣的警匪故事。
更达（石田彰 配音）和更纱（木村亚西子 配音）是一对孪生兄妹，在出生的那一刻，更达即被冠上了“命运之子”之名，成为了整个国度的希望，希望他能够推翻昏庸的君主建立新的国度。一次意外中，更达和更纱遭遇了赤王朱里（井上和彦 配音）的军队，所幸被扬羽（盐泽兼人 配音）所救。数年后，赤王的军队以造反罪处死了更达，为了复仇，悲愤的更纱女扮男装扮作更达带领村民们逃离故土。 传说中，只要寻得四把宝刀，即可获得强大的力量，心中充满仇恨的更纱踏上了寻刀之旅。可是天意弄人，在途中，她与朱里相遇了。不是以赤王和更达的身份，作为一个普通女子和一个寻常男子，不知情的两人相爱了。背负着沉重宿命的两人在得知真相后皆痛不欲生，但是责任与道义使得二人不得不兵戎相向。最终，更纱决定放弃更达的身份，放弃憎恨和复仇，她原谅了朱里，可是一直支持她的众人却不能原谅她。
