《饼干警长》故事发生在一个神奇的食品王国，王国里居住着各种各样的饼干人，他们单纯而善良，快乐地生活着，不按常理出牌的饼干警长与慢性子助手曲奇警员是王国的守护者，他们与妄图夺取王国统治权的霉脸大盗一伙斗争到底，在饼干城里展开了一系列有趣的警匪故事。
一位名为才贺胜的小学5年级学生，在父亲因事故去世后继承了庞大的遗产，生命也因此受到了威胁。就在此时，一位名为加藤鸣海的青年偶然与胜相遇，并决定向他伸出援手。 然而，追杀胜的并非人类，而是具备高超战斗能力的傀儡使们。就在两人陷入绝境的时候，一位操纵着悬丝傀儡的银发少女·白银突然出现，拯救了他们。 就这样，在日本相识的这三人开始被卷入多舛的命运齿轮当中——
