在世界局势相对稳定的20世纪，各主要国家都想加强军事力量，称霸世界。而耳语者【whisperd】，一个特殊的人类，从出生起就有特殊的能力，不用学习就能知道超越当时科技几十年的被称为黑科技的高科技手段。为了保护世界格局的稳定，神秘组织秘银[ Myslil]派出上士项梁等三人保护一个已知的耳语者[Whisper]，即千鸟香奈。其中上士向亮假扮转校生随时跟随保护。因为长期在部队生活，没有普通高中生常识的上士向亮在学校闹出不少笑话。上学期间发生了很多恐怖的事情，比如苏联制造的劫持金奈事件。宗和千鸟也因为各种事件产生了特殊的感情。
动画作品《Little Busters! EX》是Key社出品的游戏《Little Busters!》第三度动画化的作品，前两作分别是《Little Busters!》和《Little Busters! ～Refrain～》。动画将涉及原作游戏的追加版《Little Busters! Ecstasy》（リトルバスターズ! エクスタシー）中的剧情。
天河优人是一个非常普通的高中生。七年前父母离异，而独自一人生活。而常常受到身为青梅竹马的凛子的照顾，除此之外是个非常平凡的少年。对猫异常过敏，所以凛子如果对叫不起床的优人会将她的爱猫当作终极武器来使用，逼迫优人起床。 正当优人迎接了16岁的生日的早上，神秘的美少女“绯鞠”突然出现了。原来优人是守护人类的除妖世家“鬼斩役十二家”当中天河家的末裔，当16岁时便成为现任当家，而绯鞠正是效忠天河家的，根据优人的祖父的约定，从今之后“守护”著优人。随着优人与绯鞠不断接受退魔委托，妖怪化身的美少女角色亦逐一登场，再加上青梅竹马九崎凛子的卷入，恋爱大战随即爆发。
