一位名为才贺胜的小学5年级学生，在父亲因事故去世后继承了庞大的遗产，生命也因此受到了威胁。就在此时，一位名为加藤鸣海的青年偶然与胜相遇，并决定向他伸出援手。 然而，追杀胜的并非人类，而是具备高超战斗能力的傀儡使们。就在两人陷入绝境的时候，一位操纵着悬丝傀儡的银发少女·白银突然出现，拯救了他们。 就这样，在日本相识的这三人开始被卷入多舛的命运齿轮当中——
重视合理、喜欢单独行动的中学3年生四谷友助，某天穿越到了游戏风格的异世界——他与同样穿越到异世界的同班同学新堂衣宇、箱崎红末一起行动，作为第3名玩家，开始挑战赌上性命的游戏任务。四谷舍弃感情论，对所有要素一视同仁，有时甚至将同伴的性命当作棋子来使用。这样的他能否从袭来的魔物、棘手的事件以及暗中活跃的强敌手中避免队伍全灭，并成功通关这个游戏呢？
故事发生在一个架空的世界之中，这里被分为五个部分，人类所居住的地球、诸神的红色世界、理性与科学统治的白色世界、充满了魔法的黑色世界以及崇尚武力和战争的绿色世界。长久以来，五个世界相互制约抗衡，形成了微妙的平衡，然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。 为了避免这恐怖的未来图景成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，她们被送往名为青兰学院的学校之中，在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音（田村由加莉 配音）、沉默寡言的苍月纱夜（寿美菜子 配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（原由实 配音），在校园里，这些命运相似的少女们相遇了。
