故事发生在大正25年。帝都东京。 正当华族出生的久世鸫为守护没落家族决意联姻时，弟弟久世鹟却被卷入被称作“稀有之物”、会对读者产生巨大影响的书所引起的事件之中。 鸫以此为契机，能够看见被称为“灵韵”的、稀有之物所散发出的寄居者的情感，此时，“帝国图书情报资产管理局”（通称“鸱鸺”）的人出现在困惑的鸫面前。他们是保护·管理“稀有之物”的组织，并委托鸫协助调查“稀有之物”。鸫虽然犹豫，却还是决定参与“鸱鸺”，展开对“稀有之物”的调查活动—— 这是一部讲述一位命运如天秤般摇摆不定的少女的故事。
结城友奈每天早上起床、准备出门上学、上课、参加社团活动、和朋友一起玩…那个 两年来，她一直过着普通的中学生活。如果非要找一个特别的地方，那就是她所属的俱乐部“勇者部”俱乐部有什么活动？不可思议的存在“Vertex”又是什么？上帝世纪300年，女孩的故事——。
