国中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人，以一个旁观者的角度把亲眼所见的事记录在自己的手机中。一天，时空之神宙斯把未来日记植入他的手机中，这日记记录的是他未来90天发生的事，包括考试内容、遇到的危险等。但这个“日记”一旦被破坏，持有者的未来将会同时消失，也就是持有者会立刻消失。宙斯已选定十二位未来日记持有者，而最后生存的人将会成为宙斯的继承者，掌握支配时空的“神之座”。他跟同样拥有未来日记的其余11人，展开你死我活斗争的杀人游戏。
升入私立咲钟湖学园高中的阿佐谷未乃爱，只是个动画的入门菜鸟，但她却被同年级的上井草有栖强行邀请成立了动画研究部。通过与同年级的高圆寺美子以及喜爱动画的前辈们相遇，未乃爱逐渐沉浸在动画的世界中。动研部员一边要面对学生会固执的废部劝告，一边对于渐渐逼近的世界灭亡一无所知，今天也在活动室、在秋叶原、在圣地、在温泉，聊着动画的事情。
